Diversidad microbiana en el suelo rizosférico de papa nativa bajo manejo orgánico y convencional en Huancayo

Abstract

La papa nativa (Solanum tuberosum) representa un cultivo estratégico en los Andes peruanos, cuya sostenibilidad depende de la salud del suelo y su microbiota rizosférica. Objetivo: Evaluar y comparar la diversidad microbiana del suelo rizosférico bajo manejo orgánico y convencional en Huancayo (Junín). Método: Se recolectaron 14 muestras durante la floración; se extrajo ADN del suelo, se amplificó la región V3–V4 del gen 16S rRNA y se secuenció mediante Illumina MiSeq. El análisis se realizó en QIIME2 y RStudio, considerando diversidad alfa y beta, composición taxonómica, biomarcadores mediante LEfSe y su relación con variables fisicoquímicas. Resultados: Proteobacteria fue el filo dominante, más abundante en manejo orgánico. La riqueza microbiana fue mayor en suelos orgánicos (p < 0.01), sin diferencias en equitatividad. La diversidad beta mostró separación significativa entre ambos sistemas. LEfSe identificó a Pseudomonas y Blrii41 como biomarcadores del manejo orgánico, y a Roseiarcus, Dokdonella y Sphingomonas en el manejo convencional. Los suelos convencionales presentaron mayores niveles de P, Ca, Zn y Cd, mientras que los orgánicos mostraron concentraciones superiores de Fe, Mo y Al, además de correlaciones específicas entre taxones y propiedades edáficas. Conclusión: El manejo agrícola influye de manera significativa en la diversidad y estructura de la microbiota rizosférica de la papa nativa y en su relación con la química del suelo, apoyando la adopción de prácticas agroecológicas para fortalecer la sostenibilidad de los sistemas andinos.